A homossexualidade no Egito antigo não era desconhecida, mas não parece ter sido prevalente em nenhuma época. Conforme se vê em alguns dos primeiros documentos relativos ao mito de Seth e Hórus, é óbvio que as tendências homossexuais eram conhecidas. Estas tendências não eram vistas com desagrado total.

No mito, Seth deseja deitar-se com Hórus, o que Horus consente livremente na maioria das versões. Em algumas versões, ele consulta previamente a sua mãe, Ísis, antes de deitar-se com Seth. Não são os desejos homossexuais que os outros deuses repreendem, mas o pensamento de que Hórus voluntariamente permitiu que Seth o usasse no que acreditava-se ser o papel de uma mulher. Como os deuses acreditavam que Hórus fez o papel de mulher, sendo dominado por Seth, eles acharam que ele era incapaz de ser um governante, uma cargo ocupado por um macho. É somente através da astúcia de Isis que Hórus defende sua honra e mostra, através de artifícios, de que na verdade foi ele que dominou Seth.

No Livro dos Mortos, há setores de confissão negativa que mostram desonra em relacionamentos homossexuais. Estas confissões negativas, porém, têm muitas traduções diferentes, dependendo do tradutor. Essa inconsistência faz com que seja difícil dizer se os relacionamentos homossexuais eram malvistos em geral, ou se eram apenas um tabu em certos lugares, tempos e situações.

Um conjunto de papiros da sexta dinastia fala sobre o faraó Pepi II e seu general, Sasenet. Os dois são vistos tendo escapadelas noturnas. Uma pessoa comum segue o faraó em uma de suas andanças noturnas e o vê entrando na casa de seu general, Sasenet, de forma secreta. O tom do papiro é neutro no julgamento do faraó e dos seus encontros amorosos noturnos. Isso pode ser porque o faraó era considerado uma divindade e, portanto, já era dominante sobre Sasenet. Isso mostra que a homossexualidade não era popularmente vista com bons olhos, pois Pepi foi forçado a continuar com seu caso de forma clandestina.